生物顯微鏡校準方法應包括以下四方面。
1、外觀方面
光學系統在整個視場內成像應清晰，視場內不應有影響觀察的陰影或反射光斑等，成像的清晰區域應與視場同心。各部分運動應靈活平穩，無卡滯和跳動現象，視場內照明均勻。
2、微調手輪刻線間隔量
微調手輪應靈活平穩，松緊適中。微調手輪刻線間隔量應測量手輪的起始、中間、末端三個位置。測量前，將指示表用專用夾具固定在生物顯微鏡上，保證指示表與顯微鏡緊固、牢靠，固定指示表時應保證測量頭與載物臺垂直接觸。調節生物顯微鏡調焦手輪將指示表讀數置零。旋轉調焦手輪10個刻度，讀取示值，以指示值的1/10作為測量結果。將在起始、中間、末端三個位置上的測量平均值作為校準結果。
3、物鏡放大倍數誤差調整
調節光源至適度位置，將帶刻度分劃尺的目鏡安裝在生物顯微 鏡其中一個套筒上，將標準玻璃刻度尺置于載物臺上，調節目鏡與標準玻璃尺使分劃尺刻線與標準玻璃尺刻線平行，避免出現測量誤差。調節載物臺使玻璃尺零位與分劃尺一端對齊，然后直接讀數。
4、目鏡標尺的刻線間隔誤差調整
在對生物顯微鏡物鏡放大倍數誤差進行校準后，該項目可以不進行計量校準。具體校準方法為在載物臺上放置分度值為0.01mm的標準玻璃刻度尺，安裝10倍顯微目鏡，調焦至目鏡視場清晰。調節顯微目鏡與標準玻璃刻度尺使二者端線對齊，并保證二者線紋刻度方向平行。