生物顯微鏡是一種用來調查生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等也能夠調查其他通明或者半通明物體以及粉末、細小顆粒等物體的精細光學儀器。
生物顯微鏡用來供醫療衛生單位、高等院校、研究院所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的調查，可接連調查細胞、細菌等在培養液中繁衍割裂的進程等。
在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免yi學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中使用廣泛。其光學技術參數包括：數值孔徑、分辨率、擴大率、焦深、視場寬度、掩蓋差、工作距離等。這些參數并不都是越高越好，它們之間既彼此聯絡又彼此限制的，實踐使用中應當在確保分辨率的基礎上依據鏡檢的目的和實踐情況來協調參數間的聯系。
依照定位等級分類。能夠分為學生級、實驗級、研究級
生物顯微鏡。依照目鏡的個數分類。能夠分為單目型、雙目型、三目型生物顯微鏡。依照目鏡個數分類依照目鏡個數分類按目鏡和移動臺的相對方位分類。能夠分為正置生物顯微鏡和倒置生物顯微鏡。
正置（常規）生物顯微鏡的物鏡在移動臺的上方，倒置生物顯微鏡的物鏡在移動臺的下方。按成像原理分類。能夠分為光學生物顯微鏡和電子生物顯微鏡。
光學顯微鏡主要由目鏡、物鏡、載物臺和反光鏡（集光鏡）組成。
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