光學顯微鏡與電子顯微鏡有很大的不同，光源、透鏡、成像原理、分辨率、景深和樣品制備方法。

光學顯微鏡，通常被稱為光學顯微鏡，是一種以可見光為光源的顯微鏡。光學顯微鏡是一種利用光學原理放大人眼無法區分的小物體的光學儀器，為人們提取微結構信息。廣泛應用于細胞生物學中。

光學顯微鏡一般由載物臺、聚光照明系統、物鏡，目鏡和調焦機構組成。載物臺用于承放被觀察的物體。利用調焦旋鈕可以驅動調焦機構，使載物臺粗調或者微調運動，便于被觀察物體成像清晰。光學顯微鏡所成的像為倒像（上下倒立、左右互換）

電子顯微鏡是高端技術產品的誕生物。它與我們通常使用的光學顯微鏡相似，但與光學顯微鏡大不相同。首先，光學顯微鏡使用光源。電子顯微鏡使用電子束，兩者之間的結果是不同的。例如，當觀察細胞時，光學顯微鏡只能看到細胞和一些細胞器，如線粒體和葉綠體，但只能看到細胞的存在和細胞器的具體結構。電子顯微鏡可以更詳細地看到細胞器的精細結構，甚至蛋白質等大分子。

電子顯微鏡包括透射電子顯微鏡、掃描電子顯微鏡、反射電子顯微鏡和發射電子顯微鏡。其中，掃描電子顯微鏡被廣泛使用。掃描電子顯微鏡廣泛應用于材料分析和研究，主要用于材料斷口分析、微區成分分析、各種涂層表面形狀分析、層厚測量、顯微組織形狀和納米材料分析X 射線衍射儀或電子能譜儀結合形成物質成分分析的電子微探針。

掃描電鏡（Scanning Electron Microscope）簡寫為 SEC,它是一種新型的電子光學儀器。它由真空系統、電子束系統和成像系統系統和成像系統。它利用細聚焦電子束在樣品表面掃描時激發的各種物理信號來調制成像。

子激發了樣品表面的二次電子。顯微鏡觀察每個點散射的電子，樣品旁邊的閃爍晶體接收二次電子，通過放大顯像管的電子束強度來改變顯像管屏幕上的亮度。顯像管的偏轉線圈與樣品表面的電子束同步掃描，使顯像管的熒光屏顯示樣品表面的形狀圖像。

具有制樣簡單、放大倍數可調、范圍寬、圖像分辨率高、景深大等特點。透射電子顯微鏡應用性能：1。晶體缺陷分析。所有損壞正常點陣周期

結構統稱為晶體缺陷，如空位、位錯、晶界、沉淀物等。這些破壞點陣周期性結構會導致其區域的衍射條件發生變化，使缺陷區域的衍射條件不同于正常區域的衍射條件，從而在熒光屏上顯示出相應的亮度和暗度差異。2.組織分析。除了各種缺陷外，還可以產生不同的衍射圖案，可以在觀察組織形態的同時分析晶體的結構和取向。3.原位觀察。使用相應的樣品平臺，可以在透射電鏡中進行原位實驗。例如，使用應變拉伸樣品觀察其變形和斷裂過程。4.高分辨率顯微技術。提高分辨率，使物質的微觀結構能夠更深入地觀察，一直是人們不斷追求的目標。高分辨率電子顯微鏡利用電子束相位的變化，由兩束以上的電子束相連成像。在電子顯微鏡分辨率足夠高的情況下，使用的電子束越多，圖像的分辨率越高，甚至可以用于薄樣品原子結構成像。